流动的水域如果被污染了，如何来划分沿线各地的责任以及让他们为污染行为做出相应的赔偿呢？江苏此前已经在太湖及淮河流域进行了水环境区域补偿的试点，10月1日起，江苏将这一制度在全省范围内进行了推广。今后，所有市、县地方政府对辖区内重点水域造成污染的需付出相应的代价。江苏也成为全国首个水环境区域补偿全境覆盖省份。

2007年五六月间，江苏的太湖爆发严重蓝藻污染。同年，江苏省提出要逐步实施环境资源区域补偿制度。2009年，率先在太湖流域试点水环境资源区域补偿机制，在5个市的上下游水域的交界点设置了30个断面，考察这些断面水质中的化学需氧量、氨氮、总磷3个污染指标。只要超过规定的标准，上游城市就要向下游城市或省财政支付相应数额的补偿金，用经济手段来倒逼当地政府进行水污染治理。

试点取得了显著成效。2013年，太湖流域化学需氧量、氨氮、总磷3项指标(年均浓度)分别较2009年下降了11.5%、36%、20.8%。随着水质的改善，补偿金总额也逐年降低，2009年为2.4亿元，2013年下降到0.26亿元，仅为2009年的十分之一。2010年起，水环境资源区域补偿机制又在通榆河流域进行试点，3年内氨氮(年均浓度)几乎下降了一半，补偿金总额也下降明显。

在试点的基础上，江苏省确定今年起建立全省统一的、覆盖各重点流域、水质目标要求更高的水环境资源区域补偿制度，涵盖太湖、长江、淮河流域、南水北调和通榆河干线以及入干线的主要支流上重要的跨界断面，以及入江入湖入海或出省断面，共计66个补偿断面。并在全国率先实行“谁达标、谁受益，谁超标、谁补偿”的原则，变单向补偿为双向补偿，即当断面水质超标时，由上游地区对下游地区予以补偿；当水质达标时，由下游地区对上游地区予以补偿。

江苏省环保厅流域处处长程炜介绍说，“此次全省试行的办法，根据流域治理形势需要，全省所有区域补偿断面考核因子均确定为高锰酸盐指数、氨氮、总磷3项。无论哪项不合格，则以考核因子‘超标倍数×补偿基数’核算补偿资金，补偿给下游。水质超标0.5倍以下(含0.5倍)的，月补偿基数为25万元；水质超标0.5倍以上、1倍以下(含1倍)的，月补偿基数为50万元；水质超标1倍以上的，月补偿基数为100万元。而当补偿断面水质各考核因子均达标时，下游给上游的月补偿标准为20万元。”

以南京为例，新列入区域补偿断面的有滁河上的滁河闸、外秦淮河上的三汊河口、十里长沟上的化工桥，3个都是入江口，现有水质为劣五类，考核的标准要求达到四类到五类，专家推测，南京第一年的污染补偿金预计要达到6000万元。